北京大學哲學系始建於1914年,是我國高等學校中最早成立的哲學系。創建之初為北大文科哲學門,亦稱中國哲學門,1919年更名為哲學系。歷史上,著名學者蔡元培、馬敘倫、章士釗、胡適、熊十力、梁漱溟、湯用彤、張申府、金岳霖、馮友蘭、賀麟、朱光潛、張岱年、宗白華、洪謙、王憲鈞等先後在這裡執教。中國共產黨的創始人陳獨秀、李大釗等人也曾在此開設哲學課程,最早在中國傳播馬克思主義。1937年,由於日本發動全面的侵華戰爭,哲學系隨校內遷,在雲南昆明與清華、南開的相關科系合組為西南聯合大學哲學系。抗戰勝利後,1946年北大復校,哲學系也隨校北上,恢復為北大哲學系。
1952年全國院系調整,部分高校哲學骨幹教師匯入哲學系,進一步壯大了哲學系的陣容。1978年,心理學專業從哲學系分出,獨立成為心理學系。
1978年以來,哲學系在改革開放的環境裡快速發展,學科門類逐步完備,教師配備漸趨合理,圖書資料日益豐富,科研條件極大改善。
1994年起列為國家文科基礎學科人才培養和科學研究基地。1998年被國務院學位委員會批准為哲學一級學科博士點,在哲學的全部8個二級學科(馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、美學、倫理學、邏輯學、宗教學、科學技術哲學)招收博士和碩士研究生。1999年經教育部批准設立哲學學科博士後流動站。
由於學科發展的需要,1995年9月宗教學由原來與哲學、邏輯學並列的專業獨立成系。按照一種新的辦學模式,宗教學系與哲學系聯體運作,以求協力發展。
目前,哲學系(宗教學系)擁有3個本科專業:哲學、邏輯學、宗教學;1個本科輔修專業:哲學。在8個二級學科設立9個教研室:馬克思主義哲學教研室、中國哲學教研室、外國哲學教研室、邏輯學教研室、倫理學教研室、美學教研室、佛教道教教研室、基督教與宗教學原理教研室、科學技術哲學教研室。
1個與系合作的研究所:北京大學外國哲學研究所(教育部人文社會科學百所重點研究基地)。
1個掛靠的科研機構:北京大學科學與社會研究中心。
7個虛體研究機構:北京大學馬克思主義文庫、北京大學中國哲學與文化研究所、北京大學宗教研究所、北京大學人學研究中心、北京大學現代科學與哲學研究中心、北京大學應用倫理學中心、北京大學科學傳播中心。
2000年,哲學系創辦了面向整個華語哲學界的學術刊物《哲學門》(半年刊,湖北教育出版社出版)。目前,圖書資料室藏書已達3萬5千餘冊,學生計算機室機位18個,教師工作室機位24個,人文信息實驗室裝備多台服務器,獨立創建和維護哲學系網站。
截止2001年9月,哲學系、宗教學系在職教師61人,其中教授27人(包括26名博士生導師),副教授27人,講師7人。兩系學生總數438人,其中本科生178人(98級44人、99級41人、00級51人、01級42人),碩士生151人(99級47人、00級55人、01級49人),博士生109人(99級34人、32人、43人),其中留學生40人(碩士11人,博士29人)。
80多年來,哲學系共培養了8000餘名畢業生,其中有馮友蘭、張申府、朱自清、顧頡剛、王浩這樣的大學者,也有鄧中夏這樣的革命志士,還有各行各業的大批骨幹力量。這些畢業生遍佈海內外,為中華民族的振興和人類文明的發展作出了巨大的貢獻。在致力於教學的同時,哲學系的教師寫出了許多富有創見的學術著作,在國內外產生了很大的影響。
北京大學哲學系對20世紀中國哲學的發展起了重大的推動作用,並且還將在21世紀對人類文明繼續作出應有的貢獻。