奥贝隆社废坑的位置在诺依修塔特的西北一点，不用走多久就可以到达。进入坑道后来到二层，发现一部机械停止了运作，这时，要到一层去寻找动力源。还有在刚进入坑道的右边，沙土挡住了去路，需要找到炸弹来将沙土炸开。从中间的道路进入，前进不多久，大家找到了动力源，然而启动这一装置需要200枚LNCE，由于最多只能携带100枚LNCE，所以先将身上的LNCE放入启动装置中，剩下的就可以通过在洞内寻找以及战斗的方式来获得了。这样，成功开启启动装置后，停止运作的机械就被开动了，回到那里，在提示位置按下○键（一次即可），分别搬动机械中部、下部的把手，这样，如果在这之前曾把坑道内部的铁板顺水推下来的话，到一层就可以顺利取得炸弹了。将炸弹推到沙土上，使用戒指点燃炸弹就可以炸飞沙土了。通过这里到达二曾，发现有一处墙壁坏掉了，这时需要用炸弹把它破坏，先将左下的移动木版切换到隔壁房间的位置，再次回去启动炸弹生产装置，再回来取得炸弹，放到坏墙下，点燃，即可通过。进入后，发现了宝箱，原来所谓财宝是一种特殊矿石，为了保持矿石的稳定，所以才要放到宝箱内，而这种矿石，就是过去天空都市所使用的武器的能源。莉阿娜看见深处很光亮，于是大家走上前去，这里的岩石上，刻着奥贝隆诺依修塔特支部部长，依蕾奴的遗言：「在这里发现的矿石，可以使生产简便化，可以让人们更好的生活，这是神赐予我们的礼物，所以我们要保护这里，这样，也就等于保护了诺依修塔特的人们。」……看样子，现实经常与人的意愿相违背呢……
#诺依修塔特
回到商人的家，将宝物给他，得到了3000加路德的报酬，同时，凯伊路等人也装做什么都不知道。此时，斗技场也可以进入了，现在如果有LV20的水平，就可以进去挑战最初级模式，胜出后，可以得到冰雪之魔剑—。这时回到码头，船已经修好了，与船长寒暄后（好有趣的老头子……-
-）就可以出发了。目标：哈依帝鲁贝尔（）城！
#联络船
一觉醒来，罗尼与朱达斯不见了，出去走走，发现这两个家伙在前甲板上说着什么。原来，他们又在吵架，因为朱达斯很多事情都了解，所以，罗尼一直都在怀疑他接近凯伊路是有某种目的，看见此情此景的凯伊路急忙上前阻止，结果莉阿娜也从桅杆后面走了出来，原来她和罗尼是一种看法……「船到岸后，我就会离开的。」朱达斯抛下这么句话跑开了。在第二层甲板上，凯伊路找到了朱达斯，凯伊路告诉朱达斯，即使他的一切都是秘密，凯伊路也很高兴能和他在一起，毕竟大家是同伴嘛。终于，船就要靠岸了，而罗尼与朱达斯也消除了隔阂，但是，朱达斯自称精神年龄较高这一点又另罗尼产生了不满：「你这意思，和你相同年龄的我，就是小孩了！？」……
下船后，离开苏诺弗里亚（—），向西北前进，就可以到达哈依帝鲁贝尔城了。
#哈依帝鲁贝尔城
进城后径直向前走，就可以进入城堡，开始，被卫兵拦在门口，因为凯伊路等人没有预约，但是，当卫兵得知凯伊路是斯塔恩的孩子时，则立即通报给伍德洛，这样，凯伊路等人就顺利的受到了英雄王——伍德洛的接见（朱达斯离开队伍）。走到国王的接见之间的门口是时，，竟然遇见了圣女艾尔琳，艾尔琳也很高兴的样子，她是来邀请伍德洛给予帮助，然而，无德洛没有答应，具体是什么事情不太清楚，但是很显然，艾尔琳并不打算放弃。终于见到了伍德洛，但是凯伊路却紧张的够戗，罗尼提醒凯伊路要冷静。伍德洛提出凯伊路等人没有按照顺序接受接见的事情，凯伊路与罗尼有些害怕，以为会受到惩罚。没想到的是，伍德洛承诺大家以后任何tine都可以来找他，以为既然是战友斯塔恩与露荑的孩子，也就等于是他的孩子一样。（伍德洛确实是一位即威严又风趣的人，王者风范哪！）伍德洛知道凯伊路等人从库雷斯塔不远千里来到这里，一定是有重要的事情，所以就直接问了出来，凯伊路告诉了伍德洛事情的原委，然而伍德洛也不是莉阿娜所要寻找的英雄，伍德洛告诉莉阿娜：「要有一颗永不放弃的心。」这时，罗尼提出了艾尔琳来过的问题，原来，艾尔琳是向伍德洛借LNCE的，但是伍得洛并没有同意，大家来到王座后面的密室，这里的LNCE竟然堆积成了小山……
出来后，遇见了朱达斯，朱达斯一语见破的说出了这里的人只因为凯伊路是斯塔恩的孩子才对凯伊路这么好，如果不是因为父亲的名号，恐怕事情没有这么顺利……这样的话，使凯伊路受到了打击，一个人跑开了（虽然是实话，但是也有够没方式方法的了……我们单纯的主角这下子……），莉阿娜也追了出去。看到沮丧的凯伊路，莉阿娜提出一起散步，凯伊路答应下来，两个人一起向公元走去。看到外面白雪皑皑，莉阿娜感到不知以后应去往何方，而凯伊路则因为不知道前方有什么在等待而兴奋的不得了，看到这样的凯伊路，莉阿娜也感到高兴，正在这时，一只飞行龙袭击了王城的钟塔，迅速返回王城，刚进入城堡，就听见一声士兵的惨叫，同时，怪物也出现了……看样子，并不是以外，而是直接朝着伍得洛来的，担心伍得洛的大家，直接冲向接见之间，途中，有BOSS阻挡，敌人具有属性耐性，很不好对付，最好经常使用攻击晶术。来到接见之间，再次遇见了巴鲁巴托斯，这次果然是来攻击伍德洛的……这时，圣女艾尔琳出现了，原来，艾尔琳也是幕后的黑手，罗尼愤怒至极，但是却被艾尔琳的护卫挡住，无法接近，朱达斯想趁机偷袭，靠近艾尔琳是却被某种力量振飞，而罗尼也被击飞出去，这时，艾尔琳展开时之空间，要莉阿娜消失掉，凯伊路等人也追进入了空间……
～10年后的世界～
#艾古雷提
莉阿娜告诉凯伊路这是10年后的世界，苯头苯闹的凯伊路起初还不肯相信，当看到广场中央的佛露拖娜女神像后，才明白这一切都是事实，跟着路人进入神殿，观看出产式（其实就是生孩子），然而竟然是直接从光芒中诞生出婴儿，而且婴儿的名字被强制叫做J-237，更过分的是，孩子的父母只有3年的抚养期限，而且孩子的父母也叫做E-102与G-113这样的怪名字……原来，现在的人没有自己的名字，而是按照出生的顺序进行的编号，这时，出现了一位少女：「你们一定认为这很奇怪吧？对不起，这里就是这样呢，一点也不让人开心。」原来罗尼与朱达斯被传送到少女的村庄，正在寻找凯伊路和莉阿娜，「不一起去我的村子吗？这样就可以见到你们的同伴了，我叫娜娜莉，请多关照。」
#艾古雷提港
到码头买船票，得志自己去的地方是一个不服从佛露拖娜神意志的村子，而且粗暴的人也很多（这样最好，看你们就不顺眼）。在二层甲板上遇见莉阿娜，原来莉阿娜也是这个世界的人，凯伊路虽然想为出个究竟，但是看到莉阿娜不愿意提起这些事，也就打住了，在凯伊路回去后，娜娜莉发现了莉阿娜的真实身份，但是莉阿娜却要求娜娜莉保密。「这件事不想让凯伊路知道，但是总有一天他会知道的，那时候，我……」莉阿那自言自语着。到达切里克港后，整理过装备，就向西北的希特里巴（——）出发了。
#希特里巴
由于原因不明的温度变化与河水的上涨，本来的桥现在是不能过了，凯伊路一行人在娜娜莉的建议下，准备绕到上游去看一看究竟发生了什么。来到上游，明白河水上涨的原因是因为防止水流倾泻的岩石被冲垮了，只要在把岩石放好就可以了，这样，就可以过桥了，当然，还要进行BOSS战，敌vrst始强大了，这一战，凯伊路无论如何也要保持在最前方，决不能自己后退，回复交给莉阿娜，千万不能松懈。
#霍普汤（—）
离开希特里巴向西北前进，到达霍普汤。一进村子，就听见罗尼在大叫，凯伊路急忙上前查看，原来朱达斯也在这里，孩子们一定要让罗尼与朱达斯发出尖叫，否则就用晚饭来威胁，这时，娜娜莉招呼他们两个，转过头来，开间了凯伊路，罗尼激动不已，还好这些孩子比较听娜娜莉的话，罗尼与朱达斯逃过一劫（在我看来，其实凯伊路也很危险……）。在街中散步，路过目的时，看见娜娜莉正在和墓碑交谈，原来，这是娜娜莉弟弟的墓，弟弟得了绝症，虽然靠佛露拖娜的力量可以治好，但是条件是把自己的人生交给佛露拖娜。为了能够活得像人，娜娜莉与弟弟都决定不顺从佛露拖娜，这样就来到了霍普汤，很快，弟弟死去了，但是在者短暂的时间里，姐弟俩生活得很快乐，到现在，每次出去遇见高兴的事情，娜娜莉都会回来讲给已死的弟弟听……
在杂货屋的交谈中，莉阿娜感到凯伊路与她的想法完全不一样，所以感到很迷茫，即便是在娜娜莉家吃饭，面对娜娜莉做的一席美味佳肴，莉阿娜也有些食不下咽，看到这里，凯伊路询问莉阿娜原因，但是莉阿娜却隐藏了理由，同时，朱达斯也提出了回到过去的事情。如果回到过去，必须要依靠LNCE的力量，而在卡尔比欧拉（）应该可以找到方法，于是，大家决定去卡尔比欧拉一趟。
#托拉修马丁（）山
由于现在的卡尔比欧拉被称为圣地，所谓圣地，一般人当然是没有理由进去的，所以凯伊路等人只有一条可以到达卡尔比欧拉的途径，那就是翻越被人们称为垃圾山的托拉修马丁山。通过地下的瓦斯地区，这里要一边小心瓦斯的伤害一边推开岩石，随后通过桥到达一个设置了开门迷题的地区，红色的按钮代表数字一，绿色的按钮代表数字3，蓝色的按钮代表数字5，门上会显示相应的数字，例如，如果是8，那么就按动绿色与蓝色的按钮；如果是1，则只按动红色的按钮；如果是9要将三个按钮全部按下。只要按钮所代表的数字与门上的数字相等，那么门就会打开。这样，就通过了「垃圾山」。
#圣地卡尔比欧拉
经过了艰难险阻，到这里，只要对准机械按下戒指的R2键，就可以回到过去了！（进入内部，发生战斗，战斗结束后进入上方的房间）在这里，大家见到了真正的神，同时也知道了莉阿娜的真实身份。……
#哈依帝鲁贝尔城
回到哈依帝鲁贝尔城，大家担心伍德洛的安危，所以立即进入了接见之间，还好伍德洛并无生命危险，而艾尔琳在凯伊路等人离开后，也离开了这里，众人感到这事有些奇怪，而莉阿娜说靠艾尔琳的力量是办不到的，正当众人准备询问究竟时，伍德洛恢复了意识，并且十分担心LNCE的事，而一切正如伍德洛所料，所有的LNCE全部消失的无影无踪。由于伍德洛的身体状态很差，需要休息，凯伊路等人就暂时在城堡内部的贵宾室（客间）住了下来。晚上，娜娜莉与莉阿娜在公园谈话，虽然娜娜莉说了很多，但是，并没有改变莉阿娜的心意……第二天一早，莉阿娜不见了，于是，大家先去找伍德洛寻求帮助。据卫兵的报告来看，莉阿娜已经离开了这里，朱达斯认为莉阿娜是打算自己去阻止艾尔琳的野心，所以，大概是去了艾古雷提，但是由于莉阿娜的不辞而别，使凯伊路受到了巨大的打击，这时，朱达斯告诉凯伊路他曾有过相同的经历，当时，他害怕了，所以，最后能做的事只有自己戴上假面生存：「别害怕，凯伊路，前面有你要寻找的东西。」……「我，也许已经不是必要的了，不是英雄的我，对于莉阿娜来讲已经没有存在的必要……但是，即使这样……我也要去救莉阿娜！」终于，在大家的劝导下，凯伊路想通了，于是，大家准备直奔艾古雷提，救出莉阿娜。这时，伍得洛对凯伊路说：「请稍等，凯伊路，你想成为你父亲那样的英雄吧，英雄是拯救整个世界的人；现在，事情已经演变成阿塔摩尼神团与各国之间的政治问题，如果你们就这么去的话，那样一定会引起战争，导致生灵涂炭，这样，不是和英雄所做的事完全相反了吗？」「伍德洛叔叔，我认为不是这样的，每个人都有自己最重要的人，如果连这也不能保护，那英雄又从何谈起呢，所以，我要去，去保护莉阿娜！」「怎么样也要去吗……对不起，凯伊路，我只是想试试你的决心。」伍德洛将敕令书交给了凯伊路：「去吧，凯伊路，去成为莉阿娜的英雄吧！」
来到外面，眼看时间赶不及了，这时朱达斯提议，可以先去天地战争时的地上军处点基地，位于王城西南，这样应该会找到更快到达艾古雷提的方法。
#地上军处点基地
在门口，向卫兵出示敕令书后就可以得到进入的许可，朱达斯向卫兵提及依库西弗斯拉（—）的事情。进入基地后，有一些需要注意的地方，一个是广场中央有一块没被雪盖住的土地——木之封印；进入右上方入口后内部的将要熄灭的壁炉——火之封印；水晶状的物质——水之封印；分别要将这三个封印打开后才可以去开启最后的翼之封印。木之封印只要从门口处的休憩所中取得门左侧的种植物拿到木之封印所在位置调查即可；火之封印要在基地内部寻找木材，然后放入壁炉中，用戒指点燃；水之封印用戒指连续攻击三次就可以解开。当三个封印解开后，从广场进入基地上方的入口，直接把石像推到翅膀的位置上即可。这样，所有封印解开后，就可以前进了。原来，之前朱达斯提到依库西弗斯拉是天地战争时代制造的飞行艇，驾驶它，就可以很快到达艾古雷提了！
#艾古雷提
刚从飞行艇下来，就被卫兵发现，开始了战斗……另一方面，莉阿娜已经被艾尔琳抓了起来，艾尔琳正在对莉阿娜讲述着她那疯狂的梦想……一口气冲进大圣堂，与艾尔琳战斗，注意让其他角色多使用攻击晶术，在艾尔琳出现破绽的一瞬间凯伊路发动攻击，否则得不偿失。终于，两个人再度走到了一起，「你是我的英雄……」莉阿娜这样说着……大家决定去追逃走的艾尔琳，冲出大圣堂，一个声音叫住了凯伊路，原来是菲莉娅，她发现研究用的LNCE全部不见了，原来是艾尔琳为了让神降临，所以要借助LNCE的力量，并且将所有LNCE装上飞行龙一并带走了，菲莉娅送给了凯伊路可以发现隐藏物品的戒指（L2键）。于是大家迅速回到屋顶，乘上飞行艇追逐飞行龙。
进入飞行龙内部后，去路被封住了，为了打通道路，必须要破坏4个封印，首先来到左侧的房间，这里是飞行龙的肠道，行走的地方很滑，一不小心就会掉进胃液中……其实有个很简单的方法，就是连续的故意滑落几次这样，就由大姐娜娜莉代劳了。到达制作御室后却什么也看不到，这时，只要按下L2就可以发现了。
右方的房间内不满了细胞组织，在画面的右边可以发现一个不停跳跃的细胞，只要用R2将它破坏即可从上方的通路进入制御室。
右下方的房间需要用L2才可以找到通路，进入后，要靠回收与设置梯子才可以前进，能给大家的提示只有四个梯子，应该从画面上方去设置，梯子设置后，也可在上方回收。
最后一个制御室要从传送点来到外面，通过另一个传送点就可以到达，没有迷题。
终于开启了大门，继续前进会有BOSS战，最好提前补充道具与体力（到开始的位置登上锁链即可）。基本没有太大难度。战斗后，飞行龙由于失去了LNCE的力量开始坠落，这时，要在限制的时间内离开飞行龙，只有从有梯子的房间才可以离开，途中，需要用L2打开备用电源及右上方的紧急出口才可以离开。好容易离开了飞行龙，竟然又再次出现了时空的歪斜……
醒来后，凯伊路等人也不知道自己究竟是在哪里，从山洞内出来，竟然看见了空中都市！！原来这一切都是艾尔琳为了达到自己的目的而一手造成的。走出海之洞窟，向目标地点前进。
#苍天都市班杰罗（）
进入城市后，发现这里的人头上竟然镶嵌着LNCE！当然这里的人见到凯伊路等人也十分奇怪，正当无可奈何时，朱达斯扮失忆的假像来骗取情报……从画面右方的传送点来到城市的的二层，走进上方的入口，在这里稍微休息了一下，大家决定去其他城市看一看，以便收集情报。
#未开之森
离开苍天都市后一直向西可以到达红莲都市。但是途中必须经过未开之森，这里，有些地方需要用戒指将杂草点燃才可通过，但是在出口前，一种有毒的植物挡住了去路，靠照射所产生的火焰根本不足以将其烧尽，娜娜莉告诉大家，要找到一种叫做的野生动物，取得它的牙齿后就可以点燃这片植物，于是，返回刚才的地区，开始了抓行动，总共5只，需要用L2调查相应位置挖洞，在把挡住水流的岩石挪开，这样再把一只一只的赶入洞中，慢慢走过去，差不多就要踩到它时按○键，这样就可以与它战斗，胜利后得到它的牙，战斗中尽量使用莉阿娜的水魔法，这样可以很轻松的战胜。随后就可以走出森林了。
#红莲都市斯贝兰萨（）
来到二层走到突出的平台，看到了地图，原来，这个世界是天地战争发生之前的世界，看到还有更大的城市雷阿路达（）存在，大家决定去那里收集情报。向东南走，到达白雪的世界，就会看见黄昏都市雷阿路达，这里就是哈依帝鲁贝尔城的前身。
#黄昏都市雷阿路达
当凯伊路向居民询问伍德洛英雄王的事情时，人们竟然告诉他，英雄王叫做巴鲁巴托斯！！来到广场，发现有一个闪烁着烛光的地方，这里就是图书馆——资料室，利用L2就可以进入，然后在下面中间的台座位置调查，这时就出现了影像历史资料，讲述了艾尔琳是如何拯救世界的……「这样的世界，没有战争，没有灾难，人们与幸福为伴，不是很好吗？如果可以这样和凯伊路在一起的话……」莉阿娜这样说着。「你在说什么！？莉阿娜！这样的世界！我不要！这样的世界，父亲、母亲、菲莉娅阿姨、伍德洛叔叔都会消失的！这样的世界……我是绝对不会喜欢的！！」凯伊路的眼中闪烁着异样的光芒，朱达斯也在一旁静静的说道：「没有历史的世界，不，是人类否定历史存在的世界……即使只有一点，我也不会原谅的！」看到大家都这么坚决，莉阿娜也明白了自己的想法是错误的……正当大家考虑要如何回到过去时，从外面传来了艾尔琳的声音，大家立刻冲了出去，外面，伴着艾尔琳的声音，闪烁着LNCE的光芒，而人们也因此得到了力量。原来，现在的艾尔琳居住在空中都市，到达空中都市必须要通过光之祠，所以，向光之祠出发吧！
去光之祠要登上黄昏都市雷阿路达西北的山道才可以到达，有些不好发现，在雪山上看见蜿蜒的黑色就是了，直接登山即可。
#光之祠
凯伊路等人不顾卫兵的阻止直接走上传送点：「听得见吧艾尔琳，我们不会逃跑也不会隐藏，把我们带到空中都市去！」于是，众人到达了空中都市戴库罗伏特（），刚刚来到这里，就遇到了强敌，为了不同的理想，这一仗不可避免，战斗开始后，应手动会使用强力攻击晶术的角色，并随时注意回复，敌人很强，要千万小心。战斗结束后一直前行见到艾尔琳……原来，朱达斯就是凯伊路的舅舅——里昂（＝）！随后，艾尔琳将所有人都关入了梦中世界，事实上，艾尔琳所讲的幸福，就是将所有的人封闭在梦中世界，永远不会醒来，这样，幸福就可以变成永恒了。
随后，操纵莉阿娜来到梦中世界的库雷斯塔，遇见了梦中的凯伊路（童年），在莉阿娜的真情呼唤下，凯伊路恢复了神志，同时罗尼也被凯伊路唤醒，这时，凯伊路曾经梦见的场景再次出现在眼前……「斯塔恩叔叔就是这么被巴鲁巴托斯杀掉的，如果当时我不靠近巴鲁巴托斯的话……」罗尼一直因为这件事而后悔不已：「我们认为不让凯伊路知道这事比较好，所以一直隐瞒着……对不起凯伊路！我……我……」罗尼掉下了眼泪……「谢谢！」「诶？」「如果当时罗尼不在，我也不会活到现在，是罗尼保护了我。」「凯伊路？」「而且，父亲的事情，也一定是和妈妈一起决定的吧？为了不让我受到伤害，不让我悲伤，所以，我要谢谢」「凯伊路……！」罗尼激动得抱住了凯伊路，凯伊路也掉下了眼泪：「父亲……已经不在这个世上……有点……真的有点悲伤……但是，以为罗尼还在，所以，没关系！」「放……放……放心吧凯伊路，我会保护你的！也会连斯塔恩叔叔的分一起补回来！」……随后是娜娜莉与朱达斯的梦，都是很感人的情节呢……
#[地上军处点]
为了阻止艾尔琳的野心，凯伊路等人回到了天地战争时代……
到了这里，看到一个奇怪的人正在追逐一部奇怪的机械，而机械似乎很不听她的话，结果，时间把凯伊路等人也牵扯了进去……BOSS战，过分的是，这个家伙被打倒时会自爆，如果没有及时躲开……更过分的是，我们帮助了那个奇怪的人，她竟然恩将仇报的踢了罗尼一脚，声称是因为我们弄坏了她的HRX-2……（！！！）原来这个人就是天才科学家哈罗露特（我们乘坐的飞行艇就是她的杰作），在哈罗露特的带领下，大家进入了会议室基地的最上方，为了见到艾尔琳，大家加入了地上军，新兵入伍后，第一件要做的事竟然是捡垃圾……
#物资保管所
一头雾水的众人跟着哈罗露特来到了基地东边的物资保管所，发现这里竟然有瓦斯从内部冒出，进入保管所后最多只可以停留10分钟，首先需要制作[——]，制作[——]必须先找到[]、[]、[—]这三样道具，使用L2。[]在从入口开始的地下，[]在从入口位置计算二层右下的房间里，[—]在从入口计算最深处二层右下的房间里，随后，回到一层入口附近制作[——]，同样要使用L2；这时可以先出去透口气，这样回来的时候还会是10分钟的时间（注意，之前与之后都不可以，因为其他道具遇冷会坏掉）。然后，再寻找[—]、[—]，[—]在[]的房间内，[—]在[]的房间内，当所有道具入手后，调查一层最深处的仪器，就得到了要捡的「垃圾」，这时，就可以返回基地了。
#[空中都市戴库罗伏特]
进入会议室向将军们报告任务完了，今天就可以休息了，从会议室左侧下去，下方左面的第一个房间里可以休息了。第二天，来到会议室，决定了作战计划，而大家都很清楚，这也许会是一次有去无回的战斗。一切安排妥当后，众人一起到达了格纳库（飞行艇的位置）。乘坐突击艇飞上了空中，抵达了目的地，然而着陆的实在有些难看……发生战斗后，哈罗露特发现交战的怪物并不是这个时代所存在的，也就是说……艾尔琳也来了……
这里可以称得上是错综复杂，不过好在有路标性质的物体存在，有一种上部成蓝色的装置，走进调查会发生战斗，胜利后装置上会出现提示方向的箭头，只要按照方向行进，就可以顺利到达目标地点，另外，用L2键可以确认敌人的视线，只要不被敌人发现，就可以避免路上的战斗（像某某谍报游戏一样，很有乐趣啊）。下一个任务是从左边的通路乘电梯到达上一层制御室，破坏制御装置，使空中都市的机能一时停止，这里，由于哈罗露特需要5分钟的时间来破坏装置，所以玩家需要在这5分钟内不停的与敌人战斗，时间倒计结束后战斗就会终止。随后，就是从抵达空中都市的位置脱出了，原路返回即可。
回到地面，战果报告完毕后，走到外面，哈罗露特由于制造兵器的必须，要再去物资保管所一次，出发之前记得做好准备。
#物资保管所
在门口，哈罗露特告诉大家，被巴鲁巴托斯抓走的爱瓦依特，是迪姆罗斯中将的恋人，大家为此感到吃惊。说完，哈罗露特就进研究所工作了，众人决定再回去劝说中将一次。
#地上军处点
大家来到迪姆罗斯中将的房间，要求迪姆罗斯救回自己的恋人爱瓦依特，但是，迪姆罗斯是统率全军的重要职务，不能以自己的个人感情行动，在这样的情况下，凯伊路等人毅然辞去了军队的职务，去斯巴拉尔凯布（）山营救爱瓦依特。
#斯巴拉尔凯布山
斯巴拉尔凯布山位于基地的西北，一开始，要先从大陆中部前进才可以到达。迷宫本身没有什么难度，不过最后的BOSS倒是很棘手，hp有200，000之多，想打倒它可要费一番工夫啊。打倒了BOSS，正当要救出爱瓦依特时，巴鲁巴托斯用魔法障壁将大家关了起来，这个卑鄙的小人，竟然想这么就把大家都杀掉！！这时，迪姆罗斯中将赶到，原来哈罗露特开发出了新兵器，迪姆罗斯正好实验兵器的性能，但是，迪姆罗斯本身也想亲手收拾掉巴鲁巴托斯呢，在这样的一对七的不利形势下，巴鲁巴托斯迅速地逃跑了。
#地上军处点
回到基地，由于迪姆罗斯擅自行动，所以将会受到惩罚，而这个惩罚，竟然是任命迪姆罗斯为空中都市突入作战的指挥官（……这不是如鱼得水吗，看来上层是有意这么决定的）……场所自动转换到物资保管所，这时，前作中出现的神剑、也就是天地战争时代制造的最终兵器——索帝安，现在终于诞生了……自动切换到地上军处点，向司令报告了兵器开发终了的好消息
#空中都市
成功登陆后，索帝安轻易的将围上来的敌人尽数消灭，由迪姆罗斯率领的索帝安小队向深处前进，这时，凯伊路让哈罗露特和索帝安小队一起行动，因为在历史中，哈罗露特的哥哥卡雷尔就是在这一战中丧生的……哈罗露特沉默了一会：「你是笨蛋吗？你们的目的，不是修正历史吗？」途径电梯时，会有时间倒计的战斗，时间一到，从电梯向下即可，来到制御室前，敌人士兵投降了，可以从他们的身上取得一些装备，不过都是很垃圾的武器。进入制御室后，与巴鲁巴托斯战斗，但是这个家伙在战斗结束后，再次逃跑了。下一步，就是冲向王座之间，原路返回到开始的地点，就可以到达了。果然，为了胜利，卡雷尔与敌人同归于尽了……
由于巴鲁巴托斯逃跑了，为了追寻他，凯伊路等人到达了神之眼的时代，18年前的时代，斯塔恩的时代。
#外壳
在这里，路线看似十分复杂，但是只要向西前进就一定可以到达，路上有不少宝箱。
#空中都市
击倒看们的杂鱼后，与父亲相遇了，不知道算不算久别重逢……随后继续前进，没有任何迷题，道路也十分简单，很快就可以到达神之眼的位置，开始的一幕，索帝安为了毁坏神之眼的故事再重现……这时，可恶的巴鲁巴托斯再次出现了，这是与他的最后一次战斗，这个家伙也用出了浑身解数。在这里，有必要说明一下，这个卑鄙的角色，会在HP剩50000的时候发动特技，无论我方使用攻击或回复晶术，他都会以高位的攻击晶术反击，也就是说，从这时开始，战斗中就不能使用魔法了，回复方面使用道具……总之是地狱般的战斗，最好有50级以上的水平再去挑战，战斗胜利后，巴鲁巴托斯这个变态竟然跳到神之眼上自杀了！？（真狠不得把这个卑鄙的家伙分尸！！）
～现代～
#哈依帝鲁贝尔城
见到伍德洛
向伍德洛报告了LNCE的情况后，回到客室休息了一晚翌日的清晨，凯伊路和莉阿娜又去了公园，谈话中，发现了时间的歪曲，这时，罗尼赶来说哈罗露特有事要说，回到了客室，原来，艾尔琳还在进行着她疯狂的计划，看来又要出发了啊。
#地上军处点
来到格纳库，发现飞行艇竟然自己返回了！这样就向10年后的世界出发了！
～10年后～
#艾古雷提
从士兵口中得志艾尔琳去了圣地卡尔比欧拉，于是到达艾古雷提港乘船前往。
#圣地卡尔比欧拉
进入后来到以前曾有神出现的地方，发现LNCE不见了，艾尔琳一定就在里面。从这里进入后继续前进，到达尽头的房间后用戒指烧开蜘蛛网就可以继续前进了。来到最下方，分别在右上、右下、左上、左下分布着四个房间，分别名为暗、罚、罪、死，首先进入暗，用L2调查房间后方的石碑，然后在用R2键按照暗→罚→罪→死的顺序点燃房间中央的巨型蜡烛，如果顺序错误，那么从房间出来后蜡烛会自动熄灭，切记。完成后，上面的大门就可以打开了从大门进去，就可以看到艾尔琳了，同时进行与艾尔琳手下的战斗，这个家伙总是非在空中，普通攻击十分不容易命中，最好的方法还是攻击晶术。终于见到了艾尔琳，原来她想让巨大的彗星撞击地球……「悲哀与欢乐都不存在的世界，就是身真正降临的世界……」艾尔琳这样说着，凯伊路的怒火已经压抑不住了：「别开玩笑了！如果一定需要神，我们人类是什么？人类到底是什么！？我所看见的，是铸造起历史的伟大的人类！用人们的生命来证明的历史！谁也别想让它消失！完全的幸福，在这个世界是不存在的！就是因为有了痛苦与悲伤，人们才希望得到幸福！对，是用自己的努力来获得的！现在我们就打倒你！」「现在即使打倒了我也是没有用的，因为神已经降临了。」「那么……就把神杀掉！然后，让你不能再次复生！」「看来莉阿娜没有告诉你真实呢……那么就由我来告诉你，莉阿娜和我就是神……」「莉阿娜是……神！？」「所以，如果把神杀掉，我和莉阿娜都会死，信不信是你们的自由，但是真实只有一个。」虽然凯伊路等人不愿意相信，但是莉阿娜也这样说着……艾尔琳逃走了……凯伊路知道了真实后陷入了极度的绝望与痛苦中：「回去？回去了以后要做什么？我不知道……我什么也不知道啊！」
～现代～
回到现代后，在朱达斯的提示下凯伊路决定去找母亲等过去的英雄谈话，按照伍德洛、菲莉娅、露荑的顺序交谈完毕后，凯伊路和莉阿娜一起去拉古娜遗迹散心……路上的敌人很强大，而队伍里只有两名角色，大家要小心。
#神之卵
第二天早上，罗尼唤醒凯伊路，神之卵出现了！大家盛坐飞行艇向西南就可以到达神之卵。神之卵是游戏最后的迷宫，当然，在难度上就会高出很多，首先，敌人的强大是毋庸置疑的，其次迷宫中的迷题也是着实让人头疼，各位玩家在此一定要做好万全的准备。
进入神之卵后，发现盘旋的道路并不能到达最后，实际上，这是唯一的通路，需要解开三个封印才可以通过。
封印1：利用戒指攻击有颜色的球体，以此来将相同颜色的路标的方向改变，每个路标上面有着两个箭头，让他们都指向通路，主角乘坐的石板就可以通过，在这里，不停的变换路标才可以，有些地方的球体是控制两个路标的，需要注意，没有任何窍门，不停的尝试即可通过。
封印2：靠变化身体的大小来寻找通路，同样的没有太多的窍门，在这里提醒大家一下，身体变大，有些地方可以跳跃；身体变小，可以到达身体大时不能到达的地方，也可以变化石板的行动方向；最后，就是自己的眼睛一定要认真的观察哪里有可以以小号的身体通过的路。
封印3：这里是类似飞行龙体内的滑床地区，可惜这次没有人能帮助玩家了，好在即使掉落下去也可以上来再走一遍，在滑床上，慢慢移动才是最好的方法，不要太心急，没有任何隐藏的道路。
完成后，最下方会出现通向中部的道路。中部地区是要玩家控制角色一个一个的与自己的回忆战斗，首先开始的地区是朱达斯与娜娜莉的回忆，完成后由娜娜莉的回忆房间进入下一地区，这里是罗尼与哈罗露特的回忆，完成后从罗尼的房间就可以进入凯伊路的回忆房间所在的地区了，当回忆的结晶全部取得后，就可以进入最后一层了。
最后一层没有迷题，单纯的一条路，一直走下去就会到达艾尔琳所在的地方。艾尔琳具备相当强悍的力量，在其HP下降到一定程度时，会引发冻结效果，这时，范围内的人都会被冻结，行动不能，受到普通攻击也会丧命，只有一个预防的方法，就是装备耐寒的道具—，这样就不怕冻结效果了，然后，要注意艾尔琳的超强魔法，一旦被打中，基本上就可以决定生死了……苦战后，好不容易打倒了艾尔琳，但是这个时候神出现了……还要与神战斗……最后的敌人，只能告诉大家，多用攻击晶术吧……
