北京大學創於1898年，初名京師大學堂，是第一所國立綜合性大學，也是當時中國的最高教育行政機關。辛亥革命後，於1912年改為現名。
作為新文化運動的中心和「五四」運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發祥地，作為中國共產黨最早的活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發展、社會的文明和進步做出了不可代替的貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的傳統精神和勤奮、嚴謹、求實、創新的學風在這裡生生不息、代代相傳。
1917年，著名教育和民主主義革命家蔡元培出任北京大學校長，他「循思想自由原則、取兼容並包之義「，對北京大學進行了思想解放和學術繁榮，北京大學從此日新月異。陳獨秀、李大釗、毛澤東以及魯迅、胡適等一批傑出人才都曾在北京大學任職或任教。
1937年盧溝橋事變後，北京大學與清華大學、南開大學南遷長沙，共同組成長沙臨時大學 。1938年初，臨時大學遷往昆明，改稱國立西南聯合大學。西南聯大匯聚三校菁華，以剛毅堅卓精神，維繫中華教育命脈。抗戰勝利後，北京大學返回故園，於1946年10月正式復學。
中華人民共和國成立後，全國高校於1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主的綜合性大學，為國家培養了大批人才。據不完全統計，北京大學的校友和教師有近400位兩院院士，中國人文社科界有影響的人士相當多也出自北京大學，並且產生了一批重大研究成果。
改革開放以來，北京大學進入了一個前所未有的大發展、大建設的新時期，並成為國家「211工程」重點建設的兩所大學之一。
1998年5月4日，北京大學百年校慶之際，國家主席江澤民題詞：「發揚北京大學愛國進步民主科學的優良傳統為振興中華做出更大貢獻」，並在慶祝北京大學建校一百週年大會上發表講話，發出了「為了實現現代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學」的號召。在國家的支持下，北京大學適時啟動「創建世界一流大學計劃」，從此，北京大學的歷史又翻開了新的一頁。
2000年4月3日，北京大學與原北京醫科大學合併，組建了新的北京大學。原北京醫科大學的前身是國立北京醫學專科學校，創建於1912年10月26日。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫學院，並於1946年7月併入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立為北京醫學院。1985年成為國家首批「211工程」重點支持的醫科大學。
北京大學位於京城西郊，佔地2661581平方米（3992.277畝）。學校現教職工16073人，29617名各類在校學生。現有199個博士點、221個碩士點、100個本科專業，以及覆蓋139個專業的35個博士後流動站。北京大學擁有的教授、博士生導師、中科院院士及國家重點學科和國家重點實驗室的數量均居全國高校之首。現任校黨委書記閔維方教授、校長許智宏院士。
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